L'Abbazia fu edificata nell'VIII sec. da Faroaldo II duca di Spoleto, che si fece monaco, morì e fu sepolto nella Chiesa abbaziale, divenuta da allora il Mausoleo dei Duchi Longobardi.
Passata sotto la proprietà del Comune di Spoleto e semidistrutta dai Saraceni, l'Abbazia venne riedificata tra X e XI sec. Ebbe un esteso patrimonio ed una grande influenza sulla vita del territorio ad essa assogettato fino agli inizi del XIV sec., quando fu affidata al Capitolo Lateranense. Successivamente fu curata dalla famiglia Cybo e dalla famiglia Ancajani, che ne furono abati e curatori dei restauri.
Nel 1890 Decio Ancajani riscattò l'Abbazia che passò quindi in mano private, finché nel 1917 l'ultima discendente cedette la Chiesa al parroco di Ferentillo e vendette il convento alla famiglia Costanzi, attuale proprietaria che ne ha curato la ristrutturazione terminata alla fine degli anni '90.
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